Der mikroskopische Teil der Anatomie beschäftigt sich mit der Histologie. Hier wird der zelluläre Aufbau von Organen und deren Geweben anhand von Schnittpräparaten gelehrt. Die mikroskopische Anatomie bildet die Grundlage für das Verstehen der Funktionen von Geweben. In Münster wurde im Jahr 2009 der histologische Lehrsaal komplett renoviert und so blicken die
Die Betrachtung der Präparate erfolgt an Flachbildschirmen.
Studierenden nicht mehr durch antiquitäre Lichtmikroskope, sondern sitzen in einem Raum mit modernen Flair an Rechnern und können hier über einen Bildschirm die entsprechenden Präparate betrachten. Ein großer Vorteil ist, dass alle Studierenden die gleichen Präparate einsehen können und es keine qualitativen Unterschiede in Färbungen oder Schnittdicke mehr gibt. Am Ende steht natürlich auch wieder eine Prüfung in Form einer Klausur, in der die Studenten beweisen müssen, dass sie in der Lage sind mikrokopische Präparate und deren wichtigen Strukturen zu erkennen und in den entsprechenden Fachtermini zu benennen. Aus diesem Grund sind Bildfragen in diesen Klausuren äußerst beliebt.
Es folgt noch der letzte makroskopische Teil der Anatomie: die Neuroanatomie. Hier lernt man die verschiedenen Hirnstrukturen und Areale an Schnitten aus der grauen Masse und MRT-Bildern kennen. Auch zu diesem Teil der Anatomie muss ein mündliches Testat abgelegt werden.